En application de la loi du 4 juillet 2008, portant réforme portuaire, la gouvernance des grands ports maritimes s'articule autour d'organes consultatifs et décisionnels. Le Conseil de Surveillance, éclairé par les avis du Conseil de Développement et du Conseil Scientifique de l'Estuaire de la Loire, notamment sur les conséquences économiques, sociales et environnementales de l’activité portuaire, arrête la stratégie du Port et en contrôle les éléments budgétaires. Le management exécutif est assuré par le Directoire. Le Conseil de Coordination Interportuaire de l'Atlantique a pour rôle d'harmoniser et de favoriser le développement des ports de Bordeaux, La Rochelle et Nantes Saint-Nazaire.

Conseil de Surveillance

Le Conseil de Surveillance du Grand Port Maritime de Nantes Saint-Nazaire a été installé le 8 janvier 2009. Il est composé de 17 membres, répartis en 4 collèges : représentants de l'Etat, des collectivités, du personnel et personnalités qualifiées. Il est présidé par Francis Bertolotti, Directeur Général des ateliers de construction mécanique et électrique du Groupe Arcelor Mittal.

Composition du Conseil de Surveillance

Directoire 

Le Directoire est composé de 3 membres : Jean-Pierre Chalus, qui en est le Président, et deux autres membres, nommés par le Conseil de Surveillance sur proposition du Président du Directoire. Il s'agit de Francis Bertrand, Secrétaire Général et Directeur des Ressources Humaines et Gérard Etienne, Directeur des Opérations.

Conseil de Développement

Le Conseil de Développement est composé de 30 membres répartis en 4 collèges : représentants de la place portuaire, du personnel, des collectivités territoriales et personnalités qualifiées. Il compte également 4 observateurs permanents. Il est présidé par Jean-Michel Maillet, Directeur Général du terminal méthanier GDF-Suez de Montoir-de-Bretagne.

Composition du Conseil de Développement

Conseil de Coordination Interportuaire de l'Atlantique

Le Conseil de Coordination Interportuaire de l'Atlantique est composé de 17 membres, dont un représentant des régions Aquitaine, Poitou-Charentes et Pays de la Loire, des communautés urbaines ou d'agglomération de Bordeaux, La Rochelle et Nantes, des conseils de surveillance des grands ports maritimes et de Réseau Ferré de France. Il compte également les préfets des régions et les présidents des directoires des ports. Michel Quimbert, personnalité qualifiée nommée par décret ministériel et, par ailleurs, Président du Conseil Supérieur de la Marine Marchande, préside ce conseil.

Conseil Scientifique de l'Estuaire de la Loire

Le Conseil Scientifique de l'Estuaire de la Loire est placé sous l'autorité du Préfet de Région. Il est composé de 16 personnalités qualifiées, désignées en raison de leurs compétences scientifiques. Louis-Alexandre Romana, Directeur de la prospective et de la stratégie, chargé de l'environnement à l'Ifremer, en est le président.