Créé par décret, le 9 octobre 2008, en application de la loi du 4 juillet portant réforme portuaire, le Grand Port Maritime de Nantes Saint-Nazaire est un établissement public de l'État. Il est chargé de mettre en œuvre les politiques publiques d'aménagement et de développement durables, en composant avec l'économie, l'emploi et l'environnement.

Le 12 juin 2009, son Conseil de Surveillance a adopté un projet stratégique, qui donne une vision partagée du port ligérien à l'horizon 2020. Il prévoit notamment le développement de la logistique intermodale et la création d'un terminal à conteneurs de dimension européenne.