La capitainerie est en charge de l'accueil des navires et a pour mission la police, le contrôle et la surveillance de la circulation maritime et fluviale dans les eaux portuaires, ainsi que des opérations d'embarquement et de débarquement, notamment des marchandises dangereuses.

Elle assure la sécurité, la sûreté et la permanence de l'autorité portuaire auprès des usagers.

Le Service de Trafic Maritime (STM) garantit la bonne gestion des escales. Il coordonne l'ensemble des interventions et met en relation les différents métiers concernés par l'escale (pilotes, remorqueurs, lamaneurs…). Toutes ces informations sont centralisées sur Gimnaute (gestion informatisée des mouvements de navires avec utilisation des technologies Extranet).

Les officiers de port assurent une permanence 24 heures sur 24, 365 jours par an. La capitainerie comprend 38 personnes, dont 4 capitaines de port.